服务器conda环境配置（lab精简版）

Posted on Edited on

Brief version for Jiang lab. Original link: https://hc1023.github.io/2019/09/07/conda/

Step1：安装miniconda

可以进入镜像网站寻找想要的版本：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

也可以直接conda官网miniconda：https://conda.io/miniconda.html

或者直接用以下代码安装最新版本。

1
2
3
4
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# ls *sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
# Type Enter or yes

source bashrc 并检查是否安装成功。

1
2
source ~/.bashrc
conda --help

Step2：配置

  • 添加源
1
2
3
4
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
cat  ~/.condarc
  • 创建环境，比如创建一个叫rna的环境
1
conda create -n rna python=2

Step3：安装包

以下代码在rna环境中安装了处理数据时的常用包

1
2
3
4
5
6
7
8
conda activate rna
conda install -y bowtie2
conda install -y samtools
conda install -y fastqc
conda install -y bwa
conda install r-base
conda install -c r r-ggplot2 # 安装R包
conda deactivate

conda基础命令操作

  • 环境创建、激活、退出、删除
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
# 基于python2版本创建一个名字为rna的环境
conda create -n rna python=2
# 激活环境
source activate rna
# 或者 
conda activate rna
# 退出环境
conda deactivate
# 删除环境
conda remove -n rna --all
# 或者 
conda env remove  -n rna
  • 查看所有创建的环境
1
2
3
4
5
6
7
$ conda info -e
# conda environments:
#
base                     /public/home/huangsisi/miniconda2
crispr                   /public/home/huangsisi/miniconda2/envs/crispr
rna                   *  /public/home/huangsisi/miniconda2/envs/rna
rna2                     /public/home/huangsisi/miniconda2/envs/rna2
  • 管理包
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
# 更新所有包，一般没必要
conda upgrade  --all
# 安装 bwa 
# 加上 -y 是为了在提示yes/no时默认回答yes
conda install -y bwa
# 查看已安装的包
conda list 
# 包更新
conda update bwa
# 删除包
conda remove bwa