map contigs to reference genome

方法一：nucmer+ggbio

conda install -c bioconda mummer4=4.0.0beta2
nucmer --mum NC_045512.2.fna spades_output_sc_4000/scaffolds.fasta -p test 
# 筛选长度为1000以上的
delta-filter -l 1000 -q test.delta > test_filter.delta
show-coords -c -l -L 1000 -r -T test_filter.delta > test_filter_coords.txt

samtools faidx NC_045512.2.fna

需要用到的是test_filter_coords.txt和NC_045512.2.fna.fai

参考
https://taylorreiter.github.io/2019-05-11-Visualizing-NUCmer-Output/

跑链接里这个R代码，但这个R代码需要改进

方法二：minidot

下载minidot加入环境变量，这个软件会依赖一些R包，按照报错进行安装。

-S参数可以不要显示自己跟自己比对的结果

minidot -S -o out.pdf spades_output_sc_4000/scaffolds.fasta NC_045512.2.fna