Hc's Blog
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Estimate the Numbers of Synonymous and Nonsynonymous Nucleotide Substitutions

同义（synonymous）突变：silent
非同义（nonsynonymous）突变：核苷酸改变
由于同义突变的频率远高于非同义突变的频率，且对于不同基因相似，同义替换可用作确定密切相关物种进化时间的分子钟。

  • 当每个密码子的突变数量只有一个，同义突变和非同义突变的数量只需要通过计数可得。
  • 但是如果一个密码子中有两个或三个位点发生突变，区分同义突变和非同义突变就不是那么容易，存在不同的突变路径。
    • Perler et al. (1980)统计方法，不同进化路径赋予相同权值；
    • Miyata and Yasunaga (1980) and Li et al. (1985)更复杂的方法，相对于amino acid-altering substitutions，赋予包含silent substitutions的进化路径更大的权值。

但以上方法都有些复杂，以下先介绍 Nei and Gojobori (1986) 无权值方法(unweighted version of Miyata and Yasunaga’s)能对同义突变和非同义突变的数量达到同样准确的估计。进一步，当每个位点的核苷酸替代数量相对较少时，有一个更粗糙的方法能给出足够准确的估计。

但是单一利用核苷酸替代或氨基酸替代信息会造成一些问题，因此介绍 Codon-based model (Goldman and Yang 1994) 以及 Poisson framework: dNdScv (Inigo Martincorena et al. 2017).

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R练习

  • 文件读取，vector, list, dataframe基本操作，plot hw01
  • 数据清洗，ggplot，tidyverse hw02
  • 回归拟合，参数估计，nlm hw03
  • 回归 nls，lm，预测 predict hw04
  • 估计方程的解 hw05

统计学习基础

R统计学习练习（ISLR习题，不一定是实现）

  • 线性回归 hw01
  • LDA，KNN hw02
  • 正则化，广义线性回归glm，广义加性模型gam，forward stepwise selection hw03
  • 决策树，随机森林，boosting（gbm），SVM hw04
  • 聚类 hw05

如果是因为课程资料而点进来的伙伴，我其实没去上课QVQ，仅供参考。

随附准备过的 统计反问题讲义

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大家好，为了便于使用latex以及让我的主页面看起来更简洁，我把一些内容放到了我新建的一个zone.

我在source目录下新建了一个目录，然后由于之后直接写入网页文件，所以在配置文件_config.yml里面设置跳过渲染

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skip_render:
 - "zone/statistical_learning/*"

至于html文件如何生成

  1. 可以选择直接写

记得在开头加上MathJax的src

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<script src="https://polyfill.io/v3/polyfill.min.js?features=es6"></script>
<script id="MathJax-script" async
          src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@3/es5/tex-mml-chtml.js">
</script>

以下可以作为模板，效果：https://hc1023.github.io/zone/statistical_learning/testhtml.html

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<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
  <meta charset="utf-8">
  <meta name="viewport" content="width=device-width">
  <title>MathJax example</title>
  <script src="https://polyfill.io/v3/polyfill.min.js?features=es6"></script>
  <script id="MathJax-script" async
          src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@3/es5/tex-mml-chtml.js">
  </script>
</head>
<body>
<p>
  When \(a \ne 0\), there are two solutions to \(ax^2 + bx + c = 0\) and they are
  \[x = {-b \pm \sqrt{b^2-4ac} \over 2a}.\]

I can also use LaTeX aligned environment.

  \begin{aligned}
  \delta_{k}(x) &=-\frac{1}{2 \sigma_{k}^{2}}\left(x-\mu_{k}\right)^{2}+\log \pi_{k} \\
  &=-\frac{1}{2 \sigma_{k}^{2}} x^{2}+\frac{x \mu_{k}}{\sigma_{k}^{2}}-\frac{\mu_{k}^{2}}{2 \sigma_{k}^{2}}+\log \pi_{k}
  \end{aligned}
</p>
</body>
</html>

这种方法自由度比较高，但同时也有点费时（尤其当涉及到的格式比较多的时候，而我对html的语法也不太熟悉）。

  1. 可以借助markdown加一个MD生成HTML的工具

目前来看，typora生成的html文件是比较合适的，但它里面的公式采用的生成方法是MathJax图片格式插入，当然缺点就是文件会比较大。

其它VScode有用MathML的，体验效果不佳……

另外可以用pandoc，windows系统安装自行搜索，但有没有可能我是WSL小能手呢？

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sudo apt install pandoc
pandoc --toc --standalone --mathjax -f markdown -t html test.md -o test.html

优点就是文件大小立马比上面图片嵌入的方式缩小了二十几倍，而且网页端效果也很不错，带了目录。缺点是手机端看起来不太好看啊……公式都变小了……

所以说想寻求完美的话，就选择第一种方法自己直接写吧，应该也会有一些辅助工具。但是我没这么高要求，就选第二种方法。

但是手机上点击链接需要下载，PC端看也是很不错的，这比较适合放CV。

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近段时间使用git总是碰到类似于连接不上的问题。

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fatal: unable to access 'https://github.com/Hc1023/Hc1023.github.io.git/': OpenSSL SSL_read: Connection was reset, errno 10054

生活不容易，我也不知道自己做错了什么。于是现在就通过代理

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git config --global http.proxy http://userName:password@proxyaddress:port
git config --global https.proxy http://userName:password@proxyaddress:port

可以检查一下自己的设置

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git config --list | grep proxy

也可以重新unset，等到又连接不上的时候，再如上设置代理呜呜

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git config --global --unset https.proxy
git config --global --unset http.proxy

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  • RNA-seq技术以其单核苷酸水平的高分辨力成为研究宿主-微生物相互作用的主要技术，从而提高对其生理后果和作用机制的认识；
  • 根据真核生物和细菌的转录组特征的共性和差异比较了两者 RNA-seq 方案，进而从宏转录组学、互作转录组学等方面概述了跨物种 RNA-seq 方法；
  • 同时单细胞RNA-seq技术进入感染生物学领域，从单细胞水平来理解细胞异质性的决定作用；
  • 未来转录组学或将与功能基因组学等数据结合，对抗传染病和微生物疾病。
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参考 https://pawseysc.github.io/containers-bioinformatics-workshop/5.build/index.html

本文利用docker搭建镜像，然后通过singularity pull转化到singularity镜像格式。

目标：搭建容器镜像

  • RStudio 镜像
  • Conda 镜像
  • 自己编译软件的镜像

使用 Docker（更好的兼容性）Dockerfile

  • FROM：选择base image
  • RUN：执行命令
  • ENV：定义环境变量

关键步骤

  • docker build：搭建镜像
  • docker run：测试调试
  • docker tag：命名
  • docker push：分享到公共注册列表（public registry）
  • singularity pull docker-daemon：Singularity转到线下使用
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官网上便有一些过时的失败教程

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$ git clone https://github.com/singularityware/singularity.git
$ cd singularity
$ ./autogen.sh
$ ./configure --prefix=/usr/local --sysconfdir=/etc
$ make
$ sudo make install

如果满足于安装旧版本，能成功

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VERSION=2.5.2
wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz
tar xvf singularity-$VERSION.tar.gz
cd singularity-$VERSION
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
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